A Szegedi Tudományegyetemen doktoranduszainak első szervezett érdekképviselete 2007-ben alakult Doktorandusz Hallgatók Tanácsa néven. E képviseleti szerv az Egyetemi Hallgatói Önkormányzat keretei között működött, tagjait a doktori iskolák hallgatói választották maguk közül.

A most is hatályban lévő felsőoktatási törvény emelte ki a doktori képzésben résztvevők intézményi képviseletét a hallgatói önkormányzatok rendszeréből, életre hívva a doktorandusz önkormányzatokat. Így alakult át a nevezett testület 2012-ben a Szegedi Tudományegyetem Doktorandusz Önkormányzatává, amely azóta is sokrétű tevékenységet fejt ki a PhD hallgatók helyzetének javítása érdekében: a Doktorandusz Önkormányzat képviselői látják el a doktori képzésben résztvevők érdekképviseletét az egyetem döntéshozó testületeiben, így a Szenátusban, az Egyetemi Doktori Tanácsban, és az egyes Kari Tanácsokban. Közreműködnek továbbá juttatási ügyekben is, amely keretében segítik a doktoranduszok pályázását, és bizonyos esetekben részt vesznek a bírálatban is. Végül a Doktorandusz Önkormányzat szervezi a PhD. hallgatók tudományos és közösségi életét, amely érdekében számos szakmai és szabadidős rendezvényt szervez.

A Doktorandusz Önkormányzat jelen szervezeti keretek között 2025. nyara óta működik. Legfőbb döntéshozó szerve a Választmány, amely képviselőit tudományterületenként választják a doktori képzésben résztvevők önmaguk közül. E testület tudományterületenként egy fő elnökségi tagot és Elnököt választ az Elnökségbe, amely a szervezet mindennapi ügyeit viszi.

A Szegedi Tudományegyetem Doktorandusz Önkormányzat elkötelezett hallgatói mozgalom elvei, és az oktatói-kutatói pálya iránt, tevékenysége széleskörű együttműködésekre és állandó párbeszédre épül, amely során azonban maradéktalan érvényesíteni kívánja a doktori képzésben résztvevők érdekeit.